Vom damaligen Kirchenvorstand der Gemeinde Friedberg-Fauerbach wurde Ilse Etzel 2001 in die Dekanatssynode des frisch fusionierten Evangelischen Dekanats Wetterau entsandt und von der Synode in den Dekanatssynodalvorstand gewählt. In dieser Funktion war sie u.a. mit der Neuorganisation des Dekanats Wetterau im Rahmen der Strukturreform der Evangelischen Kirche in Hessen und Nassau (EKHN) befasst. 2022 schied sie aus der Arbeit im Dekanatssynodalvorstand aus. Zuletzt war sie stellvertretende DSV-Vorsitzende, außerdem Mitglied im Ausschuss Kirchenmusik. Die Kirchenmusik lag ihr in all den Jahren – sie war hauptberuflich Musiklehrerin an der St. Lioba-Schule Bad Nauheim – wie auch privat am Herzen.
Zudem war sie vom DSV beauftragt für die Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK), an deren Gründung sie 2008 mitbeteiligt war. 2023 hat sie ihr Amt als Delegierte der ACK niedergelegt.
Noch zum diesjährigen Pfingstfest hatte Ilse Etzel als ehrenamtliches Mitglied im gemeinsamen Ökumene-Ausschuss der evangelischen und katholischen Kirchengemeinden Friedbergs mit dafür gesorgt, dass zum 1700-jährigen Jubiläum des ersten ökumenischen Konzils in Nizäa erstmals sechs christliche Gemeinschaften gemeinsam einen Gottesdienst zur Einheit der Christen feierten.