Im Krieg hatte auch die Stammheimer Kirche ihren Tribut zu zahlen. 1917 mussten die Pfeifen aus der Orgel abgebaut und der Armee des Kaisers abgeliefert werden. Die Stammheimer hatten sich vergeblich gegen die Ablieferung der Orgelpfeifen gewehrt. Sie verklagten den Staat auf Schadenersatz und drängten darauf, dass die Pfeifen zurückgegeben wurden. Ihr Protest blieb jedoch erfolglos. Es dauerte bis ins Jahr 1936 bis sich die Kirchengemeinde die Reparatur der Orgel leisten konnte.
1973 wurde die Orgel überholt und 2006 durch die Firma Förster & Nicolaus aus Lich restauriert. Dabei wurden die originalen Metallpfeifen wieder ihrer ursprünglichen Position auf dem Pfeifenstock zugeordnet. Deshalb klingt die Orgel heute wieder wie 1750. Die Pfeifen, die nicht mehr zur Verwendung kamen, wurden eingelagert. Das Gehäuse ist weitgehend ursprünglich erhalten.
„Durch den nun wieder angemessenen Winddruck, die leichte Ansprache, den ausgewogenen, erfrischenden Klang und die große dynamische Bandbreite ergeben sich - trotz der bescheidenen Registeranzahl - vielfältige musikalische Möglichkeiten“, schreibt die Firma Förster und Nicolaus 2006. Und auch Dekanatskantor Ulrich Seeger spielt gerne auf der Stammheimer Orgel. „Ich halte die Stammheimer Orgel für sehr wertvoll. Außerdem ist sie weder zu groß noch zu klein und mit der passenden Stück-Auswahl und etwas Erfahrung lässt sie sich sehr gut spielen.“
MANUAL · C-c³ (Cis ist an cis° gekoppelt)
Principal 4' (Prospekt, 2006)
Gedact 8' (Holz)
Spitzflöte 4'
Duhsflöte 4' (ged., nach Busenborn, 2006)
Quinta 3' (ergänzt)
Octave 2' (C–ds° Pfeifen eines älteren Quintatön, Stimmschlitze)
Tertia 2f. B/D (1 3/5' + 1 1/3', 2006)
Mixtur 3f. 1' (2006) - Salicional 8'
PEDAL · C, D–d¹ (Cis ist stumm und auch in der Koppel nicht vorhanden, d¹ ist an d° gekoppelt)
Sub Baß 16' (Holz)
Violon Baß 8' (Holz)